Facturation électronique : pourquoi certaines entreprises risquent-elles de ne pas être totalement conformes ?

À quelques jours de l’entrée en vigueur de la réforme de la facturation électronique pour les entreprises assujetties à la TVA en France, les questions qui se posent sont : qui sera réellement prêt ? Quels sont les obstacles possibles ? Comment mieux les comprendre et les contourner ?

Être prêt ne signifie pas seulement avoir lancé son projet

Bien évidemment, de nombreuses entreprises ont lancé des programmes de transformation significatifs : les plateformes agréées (PA) sont sélectionnées ou en cours de sélection pour les PME/TPE sur le volet facturation client, les outils de facturation évoluent, les tests arrivent ou sont en cours, les équipes Finance sont mobilisées et les directions informatiques accélèrent les travaux d’intégration.

Pourtant, les retours d’expérience issus de projets menés sur le terrain font émerger un constat : lancer un projet de facturation électronique ne garantit pas, à lui seul, l’atteinte d’une conformité opérationnelle à l’échéance réglementaire.

En effet, la réforme ne se limite pas à l’envoi de factures dans un nouveau format. Elle transforme en profondeur les processus financiers et fiscaux, les responsabilités organisationnelles, les flux de données et les modèles de gouvernance.

Dans ce contexte, certaines entreprises pourraient se trouver en situation de conformité partielle malgré des investissements significatifs et des projets en bonne voie.

Identifier les causes de ce risque, en mesurer les impacts puis mettre en place les leviers de sécurisation adaptés constitue donc un enjeu majeur pour les Directions Financières, Comptables, Fiscales, IT et Transformation.

Dans cet article, nous vous proposons d’identifier les principaux points de vigilance et les conditions à réunir pour passer d’un projet de facturation électronique à une conformité opérationnelle durable et maîtrisée.

Facture électronique 2026 : contexte réglementaire France

La réforme française prévoit la généralisation de la facturation électronique (e-invoicing) et du e-reporting pour les entreprises assujetties à la TVA en France.

Rappel du calendrier officiel :

À partir du 1er septembre 2026 :

• obligation de réception des factures électroniques pour toutes les entreprises ;
• obligation d’émission pour les GE et les ETI ;
• obligation de e-reporting pour ces mêmes entreprises.

À partir du 1er septembre 2027 :

• obligation d’émission et de e-reporting pour les PME, TPE et microentreprises.

La réforme repose notamment sur les articles 289 bis, 290, 290 A et 290 B du Code général des impôts, issus des textes adoptés dans le cadre de l’ordonnance du 15 septembre 2021 et des lois financières ultérieures.

Ce que signifie réellement être conforme

Être conforme ne se résume pas à une capacité technique de transmission.

La conformité repose sur trois dimensions distinctes :

• Dimension réglementaire : l’entreprise doit être capable d’émettre des factures conformes, transmettre les données attendues à l’administration fiscale, recevoir les factures électroniques des autres assujettis à la TVA France tout en garantissant l’intégrité et la traçabilité des échanges.

• Dimension opérationnelle : les processus doivent fonctionner de bout en bout, de la création de facture à sa comptabilisation et à la gestion des statuts du cycle de vie.

• Dimension organisationnelle : les rôles, responsabilités et modes opératoires doivent être définis. La conformité n’est pas seulement un sujet fiscal ou informatique. Elle implique de nombreux acteurs : Finance, Fiscalité, Comptabilité, Ventes, Achats, IT et Data.

Les 5 causes de non-conformité les plus fréquentes

Ces observations sont issues de l’expérience terrain de SQORUS, des remontées des rencontres du FNFE-MPE et de la veille effectuée du secteur.

1. Une complexité métier sous-évaluée

La réforme est souvent abordée comme un projet de dématérialisation simple. En réalité, elle impose une relecture complète des processus Order-to-Cash, Procure-to-Pay et de la gouvernance des données. Les équipes ont parfois été sous-dimensionnées pour couvrir l’ensemble du périmètre.

2. Une qualité de données insuffisante

De nombreux applicatifs présentent encore des données de qualité insuffisante ou non harmonisées. Or, la qualité des données reste un prérequis de conformité.

3. Une dépendance forte aux ERP et applicatifs existants

Selon la complexité de l’architecture du SI des entreprises (ERP multiples, applications locales, référentiels, rachats successifs), l’intégration avec les PA constitue un programme de transformation à part entière.

4. Une gouvernance projet incomplète

La réforme mobilise des acteurs aux objectifs parfois différents : la Finance recherche la conformité, l’IT cherche la stabilité technique, les Achats visent l’efficacité opérationnelle, la Fiscalité vise la maîtrise du risque. Sans gouvernance transverse, des angles morts apparaissent rapidement.

5. Une contractualisation tardive

Le choix d’une plateforme agréée a été réalisé tardivement pour beaucoup d’entreprises. La multiplicité des acteurs agréés a engendré des délais de benchmark importants : une seule PA ou plusieurs ? Délégation du e-reporting ou non ? Format propriétaire ou format socle ?

Cela entraîne une inscription à l’annuaire de la facturation électronique tardive voire hors délai pour beaucoup d’acteurs.

Bien que la France soit la première nation représentée sur le réseau Peppol (J.Nicolas – Chef de Projet AIFE), nous sommes encore loin de comptabiliser le nombre d’inscrits attendu au niveau de l’annuaire. Début Août nous étions à plus de 3 millions d’inscrits (S.Eustacle Dir. Prog. FE – AIFE) sur les 4,5 millions environ d’entreprises assujetties à la TVA et plus de 10 millions d’entrées attendues à terme si la déclinaison SIREN/SIRET est prise en compte.

Les risques concrets à court terme

Les entreprises partiellement conformes s’exposent à trois catégories de risques immédiats.

• Risques réglementaires : la DGFIP annonce un regard bienveillant et n’appliquera pas de sanctions à l’aveugle. Mais cela ne constitue pas pour autant une suspension de l’obligation.

• Risques opérationnels métiers : des factures rejetées, des erreurs d’acheminement, des blocages de paiement ou encore des ruptures dans les flux Procure-to-Pay peuvent survenir.

• Risques sur la position de trésorerie disponible : une anomalie sur l’émission ou la réception peut allonger les délais de traitement, ralentir la mise en paiement et rendre ardu le suivi des encaissements.

• L’ensemble de ces risques à court terme se traduit en bout de chaîne par des risques organisationnels : une surcharge de travail pour les équipes, contraintes d’effectuer des tâches et contrôles non automatisés, sources d’erreurs.

Les entreprises s’exposent aussi à des risques à moyen et long terme ainsi que des impacts sur les différents métiers développés dans notre Dossier complet téléchargeable.

La convergence européenne ViDA

La réforme française s’inscrit dans un mouvement européen plus large :. ViDA (VAT in the Digital Age), adoptée par le Conseil de l’Union européenne le 11 mars 2025 et publiée au Journal officiel de l’UE le 25 mars 2025. Les différentes étapes de ce grand mouvement de convergence se projettent jusqu’en 2035.

Ne pas être conforme dès maintenant, c’est prendre le risque de ne pas appréhender les prochaines échéances réglementaires sereinement et de ne pas bénéficier des gains de productivité attendus pour nos entreprises.